UMR CNRS 5805 EPOC
Environnements et Paléoenvironnements
Océaniques et Continentaux

        

Consignes de Sécurité et Numéros d'Urgence
(à l'usage des personnels du laboratoire)

le 08-03-2012

Guillaume MEISTERHANS

Frédéric Garabétian / Florence Jude-Lemeilleur

Antoine GREMARE, Professeur, Université Bordeaux 1, Président
Robert DURAN, Professeur, Université de Pau et des Pays d'Adour, Rapporteur
Daniel GUIRAL, Directeur de recherche, IRD, Marseille, Rapporteur
Marc BALLY, Chargé de recherche, CNRS, Marseille, Examinateur
Frédéric GARABETIAN, Professeur, Université Bordeaux 1, Directeur de thèse
Florence JUDE-LEMEILLEUR, Maître de Conférences, Université Bordeaux 1, Co-directrice de thèse
Natalie RAYMOND, Maître de Conférences, Université Bordeaux 1, Co-encadrante de thèse

Les structures des communautés procaryotes (diversité β) ont été caractérisées au sein de deux compartiments du benthos en milieu littoral : les sédiments et les bivalves fouisseurs.
Dans les sédiments de surface, les communautés bactériennes et archéennes ont été ciblées par ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis) et par T-RFLP (Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism) sur le gène codant pour l'ARN 16S respectivement. Sur 29 sites des zones intertidale et subtidale du Bassin d'Arcachon, les communautés procaryotes présentaient des patrons de distribution spatiale corrélés à ceux de la macrofaune benthique mais représentaient une faible diversité cumulée par habitat. L'extension à des écosystèmes proches (Vasière Ouest Gironde, Estuaire de la Gironde) a mis en évidence une forte proportion d'OTU (Operational Taxonomic Unit) rares et une diminution de la similarité entre les communautés avec l'éloignement géographique des écosystèmes.
Chez les bivalves, les communautés bactériennes ont été caractérisées successivement à l'échelle de l'individu, de l'organe isolé et de l'espèce. Le suivi d'une cohorte de coques n'a pas montré d'influence de la présence du parasite Bucephalus minimus sur la structure de ces communautés à l'échelle de l'individu. En revanche, prises à l'échelle de l'organe en comparant la coque à la palourde, les communautés bactériennes associées aux bivalves se sont différenciées en fonction des organes (e.g branchies, tube digestif, reste des tissus), de l'habitat et/ou de l'espèce.

bactéries, archées, Ruditapes philippinarum, Cerastoderma edule, écosystème de transition, CE-fingerprinting, interactions bactéries-bivalve

http://www.theses.fr/2012BOR14494