Au sein de l'UMR EPOC, Ecobioc demeure la seule équipe traitant d'écologie aquatique dans le sens où non seulement elle étudie l'effet de l'environnement sur les organismes (en complément des équipes EA, LPTC) mais elle s'intéresse également en retour à l'effet des organismes sur l'environnement. A ce titre, Ecobioc continue à revendiquer son leitmotiv : « Structuration du vivant et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes ». Partant d'une structure en 3 axes dans le quinquennal précédent, Ecobioc est maintenant organisée en 4 axes sans que cela ne morcèle son activité. Nous retrouvons toujours ce glissement de thématique qui va de l'écologie à la biogéochimie, association de compétences qui rend Ecobioc unique dans le paysage national. La définition de ces axes repose à la fois sur une question d'échelle et d'interaction disciplinaires : l'axe 1 traite d'écologie à petite échelle, l'axe 2 associe écologie et biogéochimie (au sens réseau trophique) à grande échelle, l'axe 3 envisage à petite échelle l'interaction biogéochimie (au sens dynamique des espèces chimiques)/écologie (au sens bioturbation) et l'axe 4 traite des flux biogéochimiques (flux et origine des éléments biogènes) à grande échelle.
Au-delà des axes, Ecobioc repose sur un socle solide de compétences et d'un parc analytique étant ou ayant pour vocation d'être adossés à des plateformes, respectivement « biodiversité », « chimie, volet biogéochimie » et « biologie moléculaire ».

• AXE I : Interactions biotiques à l'échelle locale
  Animation : F. Jude-Lemeilleur - R. Michalet
  
  Les interactions diffuses (ou non spécifiques) plantes-plantes et plantes vs macrozoobenthos sont étudiées par approche expérimentale de terrain en mettant l'accent sur l'importance des effets « écosystèmes ingénieurs » (collaboration avec METHYS et l'IFREMER). Les interactions durables (liées à la notion d'holobionte) bivalves-symbiontes sont étudiées avec pour objectif : 1) d'estimer les réponses biochimiques, génomiques et métabolomiques des bivalves en position de multistress, et 2) de démontrer le possible rôle protecteur du microbiote à l'encontre de pathogènes (rôle sur la fitness de l'hôte) (collaborations avec le Portugal). Par ailleurs, l'impact de l'infestation parasitaire sur l'activité bioturbatrice du crustacé Upogebia et les conséquences sur la biogéochimie des sédiments est étudié en collaboration avec l'Axe 3.
  
  
• AXE II : Diversité, Structure et Fonctionnement des écosystèmes
  Animation : H. Blanchet - V. David
  
  Dans le contexte du changement global, cet axe de recherche rassemble les travaux portant sur les communautés et écosystèmes aquatiques du continuum continent-océan. Ils se fondent sur l'étude des interrelations entre (1) la diversité et l'organisation des biocénoses ; (2) leurs réponses aux facteurs environnementaux sous contraintes anthropique et/ou climatique et (3) le fonctionnement des écosystèmes. Ils s'appuient sur les compétences de taxinomie rassemblée au sein de la plateforme « biodiversité », mais aussi sur des techniques d'imagerie in situ (Sediment Profile Imager) des méthodes de génotypage développées pour la plateforme « biologie moléculaire ».
  
  
• AXE III : Couplage biologie/biogéochimie à l'interface benthique
  Animation : B. Deflandre - O. Maire
  
  Nos travaux visent à étudier le fonctionnement écologique et biogéochimique de l'interface eau-sédiment des systèmes marins non stationnaires. Ils s'organisent plus spécifiquement autour de 3 thèmes : 1) La biogéochimie des environnements non stationnaires avec utilisation d'outils pionniers permettant de mieux caractériser in situ la nature transitoire des processus diagénétiques transitoires tout en favorisant la prise en compte de l'activité de la flore et la faune benthique ; 2) L'impact de la diversité spécifique et fonctionnelle de la macrofaune benthique sur les processus de reminéralisation de la matière organique sédimentaire avec un intérêt particulier pour les espèces ingénieurs et invasives. Nous étudions les effets de facteurs abiotiques, biotiques (parasitisme), de la matière organique et sa labilité ainsi que des apports continentaux sur ces interactions et leurs conséquences sur les communautés procaryotes et méiofauniques ; 3) L'impact de la bioturbation sur les transferts de contaminants métalliques (nanoparticules de Cd et Hg). Nous cherchons aussi à caractériser les effets de la bioturbation sur (i) le piégeage de contaminants métalliques dans le sédiment, et sur (ii) leur biodisponibilité, toxicité et génotoxicité pour des modèles biologiques.
  
  
• AXE IV : Flux de matières à l'échelle des écosystèmes
  Animation : G. Abril - P. Anschutz
  
  Les flux d'éléments biogènes (principalement le carbone, l'azote, et le phosphore) sont étudiés à travers les écosystèmes aquatiques continentaux et littoraux, ainsi que les processus biogéochimiques qui les contrôlent : piégeage de phosphore sur des phases solides, dégazage de CO2 et de CH4, recyclage et transformation des nutriments et de la matière organique. Si la plupart de nos travaux s'inscrivent dans une approche à l'échelle du continuum terre-mer, une attention particulière est portée à plusieurs points chauds en termes de réactivité biogéochimique au sein de ce continuum: les zones hyporéiques des rivières, les estuaires souterrains et la transition eaux douces - eaux marines, l'interface nappe-lac, le milieu intertidal. L'étude de ces points chauds biogéochimiques allie des mesures in situ à haute fréquence, des suivis sur les cycles naturels (tidal, journalier, saisonnier), des marquages de source de matières organiques terrestres et aquatiques, des bilans de masse, et des expérimentations in vitro. Enfin, ces travaux sont menés en parallèle en milieu tempéré sur les sites emblématiques de l'équipe, mais aussi en milieu tropical, (par exemple au Brésil), afin d'identifier les facteurs de contrôle climatiques et démographiques sur ces flux.

Ecobioc est donc une équipe centrée sur des problématiques écologiques, dont l'originalité est de répondre par des approches interdisciplinaires : couplage biogéochimie/bioturbation, couplage bioturbation/écologie parasitaire, couplage biogéochimie/hydrodynanisme, couplage microbiologie/bioturbation etc. Ainsi, les réponses attendues sont résolument transdisciplinaires. Certaines questions traitées par Ecobioc, par ailleurs, sont identifiées comme innovantes dans le paysage national, voire international : le cycle des éléments biogènes dans les milieux hyporéiques, l'étude du remaniement sédimentaire par analyse in situ (SPI), l'écologie parasitaire en contexte multistress, l'évolution multi-décennale des communautés planctoniques en relation avec le climat, etc.