La station marine d'Arcachon (01°9'48''O ; 44°39'47''N) est localisée sur la côte atlantique française à Arcachon (Gironde - Aquitaine). Implantée sur la rive sud du bassin d'Arcachon, lagune semi-fermée, elle jouit également de la proximité de l'estuaire de la Gironde, de l'accès au littoral sableux des landes d'Aquitaine et au plateau continental du golfe de Gascogne. La station bénéficie notamment du voisinage de ces écosystèmes à fortes valeurs économique, patrimoniale et écologique pour développer ses missions de recherche et d'enseignement. Elle complète avec 14 autres stations et laboratoires océanographiques du réseau des stations et observatoires marins (RESOMAR),un dispositif national d'observation à long terme du milieu marin, le service d'observation en milieu littoral (SOMLIT) et un réseau national de collecte, gestion et analyse d'une banque de données biologiques sur le benthos et le pelagos. Enfin, la station partage son campus avec le musée-aquarium d'Arcachon auquel elle est historiquement liée par leur co-fondation en 1867, avec la Société Scientifique d'Arcachon.